COVID-19関係で用いているカスタムスクリプトDTcurveのスクリプトは以下のとおり。 感染者数や死者数がminidays以上の最初の日を初日とし、各列(国や都道府県)のそれ以降の系列を抽出して一つのデータフレームにまとめるもの。
DTcurve<- function(df=df,minidays=100){
df2<- df[,2:ncol(df)]
df3<- as.data.frame(matrix(NA,nrow=nrow(df2),ncol=ncol(df2)+1))
colnames(df3)<- c("days",colnames(df2))
df3[,1]<- c(1:nrow(df2))
rown<- apply(df2,2,function(x){sum(x<minidays)})
for(i in 1:ncol(df2)){
if(rown[i]!=nrow(df2)){
df3[1:(nrow(df2)-rown[i]),(i+1)]<- df2[(rown[i]+1):nrow(df2),i]
}
}
df3
}